تتخذ المؤسسة آلية تقسيم هيكليتها إلى إدارات ومكاتب لتنظيم العمل حسب المسؤوليات والصلاحيات،

وتتكون من الإدارات التالية:

  • إدارة الشؤون الإدارية.
  • إدارة الشؤون الإجتماعية.
  • إدارة شؤون الإغاثة.
  • إدارة الشؤون العلمية.
  • إدارة الرعاية الشاملة.
  • إدارة التعاون الدولي.
  • إدارة التخطيط والمتابعة.
  • إدارة الشؤوون المالية.

كما تنقسم المكاتب إلى:

  • مكتب الصحة.
  • مكتب الهجرة.
  • مكتب حقوق الإنسان والحريّات.
  • مكتب العلاقات العامة.
  • مكتب اللجنة الإستشارية.
  • مكتب مدير رئيس مجلس الإدارة.