تتخذ المؤسسة آلية تقسيم هيكليتها إلى إدارات ومكاتب لتنظيم العمل حسب المسؤوليات والصلاحيات،
وتتكون من الإدارات التالية:
- إدارة الشؤون الإدارية.
- إدارة الشؤون الإجتماعية.
- إدارة شؤون الإغاثة.
- إدارة الشؤون العلمية.
- إدارة الرعاية الشاملة.
- إدارة التعاون الدولي.
- إدارة التخطيط والمتابعة.
- إدارة الشؤوون المالية.
كما تنقسم المكاتب إلى:
- مكتب الصحة.
- مكتب الهجرة.
- مكتب حقوق الإنسان والحريّات.
- مكتب العلاقات العامة.
- مكتب اللجنة الإستشارية.
- مكتب مدير رئيس مجلس الإدارة.
